厦门格物学院选用的书籍也大多是华夏的，像是关于农业手工业的《齐民要术》、《农政全书》、《天工开物》、《考工记》；
关于水文地理的《徐霞客游记》、《禹贡地域图》、《水经注》、《河防一览》；
关于天文的《甘石星经》、《授时历》；
关于物理机械的《墨子》、《梦溪趣÷阁谈》、《新仪象法要》；
关于医学的《本草纲目》、《皇帝内经》、《素问》、《伤寒杂病论》、《唐本草》、《图经本草》；
关于数学的《九章算术》、《周髀算经》，以及徐光启与利玛窦合译的《几何原本》、孙元化翻译的《太西算要》；
西方书籍主要都是以传教士带来并翻译的：德国天文学家开普勒《新天文学》，开创医学定量实验的意大利S.圣托里奥《论医学测量》，英国W.哈维著《动物心血运动的研究》，托勒密的《地心说》，伽利略的《两门新科学的谈话》和《关于两大世界体系的对话》，亚里士多德的《物理学》；
随着教师和书籍的确定，厦门格物学院开设了木业、工业、天文、数学、医学、农业七个班。
后来随着教师的增加，尤其是在1649年传教士卫匡国回到罗马向天主教罗马教皇禀告了厦门的情况，携带了大量博学的传教士来华夏后，陆续增设了化学、物理、生物、文学、美术、建筑等学科。
随着大量的外国书籍流入华夏，厦门格物大学还增设了译文馆以及印刷坊。
最初只翻译拉丁语和西班牙语的书籍，后陆续增加英语、阿拉伯语、日文等书籍。
译书馆也由单纯翻译西方科技的书籍，慢慢向自然科学和社会科学，人文科学等书籍扩展。
除数学、天文、医学外，其它课程多由汉人担任教习。
数学、天文、医学则由传教士和汉人教师共同担任，在医学方面，这些传教士经常和汉人教师为了某个理论闹的不可开交，甚至有时候吵到怒上心头，直接拳脚相加。
这个时候敢跨越海洋来到华夏的传教士可不是什么善茬，都有着很多保身的打斗斗殴经验。
汉人教师仗着人多势众，再加上占有地利，经常是呼朋叫友来群殴。
一方经验十足，一方人多势众，传教士和汉人教师大致上都斗个半斤八两。
对于医学，郑成功懂的不多，所以不偏帮，保持沉默是最好的办法。
郑成功只是严叮嘱学院的那些保卫，一定要注意，打归打，绝对不能动用武器，更加不能出事故。
不然到时你们这帮保卫一定会严罚！
厦门格物学院招生对象开始限于九岁以上，十四岁以下，刚开始报名的仅有十人，都是郑成功设立工作坊工人的儿子。