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第二镇的六千多水师官兵人员相对复杂，朱由榔抽调了原伏波镇的一千多老卒和李成栋麾下仅剩的一千多原郑芝龙部下的残兵作为基本盘。
当年郑芝龙降清被挟持至京后，清贝勒博洛利用他的声望和“平国公”的牌劄，招降了原属郑芝龙管豁的施福、施琅、梁立、黄廷、洪习山、成升等十员总兵官和他们的部下，共计十一万三千人。
其中施福、施琅等五员总兵率部被调拨到清江南巡抚李成栋军，并随李成栋由浙江、福建进入广东，参与了扑灭广东绍武政权，各路义民起义和追杀永历的军事行动，为清廷立下了不少“汗马功劳”。
可是李成栋看不起闽系兵将，他部下的将领与闽系兵将之间相处不和，有着难以逾越的地理隔阂，李成栋既利用郑芝龙的旧部冲锋陷阵，又在给清廷的奏疏里把他们贬得一钱不值，说这些人“脆弱不堪，无资战守”。
施福、施琅、洪习山等人过着寄人篱下的生活，忍气吞声，大有怀才不遇、有功不赏之感，私下常为当初降清而懊悔。
梧州、清远之战过后，闽系兵将折损严重，特别是当初的北江一战，朱由榔不惜以自己做诱饵，使伏波镇总兵余龙成功大破清军水师，闽系五千多水师主力尽失，只剩下一千多残兵败卒，统领施琅兵败自杀。
永历元年三月初（公元1647年），在大明内镇抚司的全力策反下，李元胤和袁彭年率先反正归明，紧接着又成功劝说李成栋背清反正、转投永历帝。
李成栋一直和那些闽系兵将不对付，因此他借着反正之机，就把这一千多闽系水师残部拱手送给了朝廷，既能显示自己的忠诚，又能把那些碍眼的家伙甩开。
这一千多残兵都是原来的海贼王郑芝龙麾下的嫡系中坚，战力都不错，尤擅海战，旱鸭子出身的李成栋不在乎他们，朱由榔可都当成了宝贝。
所以在李成栋奏疏刚送到他手中后，他就立即准奏，堂而皇之的把这支残部笑纳了。
除了首领施福及其亲信部将被高爵恩养架空外，余者中坚骨干如梁立、黄廷等全都升官重用了，在朱由榔亲征湖广期间，这支水师被瞿式耜用作行都的水上防守力量。
除了三千人左右的老卒做为基本盘外，朝廷又在沿海地带招募了三千多疍户船民。
这些疍户船民出身的水手整体素质非常强，他们原先做船民时，靠海吃饭，以船为家，几乎一辈子不上岸，吃住全在船上，因为这种生活习俗，使得他们能够完全习惯于水上的颠簸，即便遇到狂风大浪也可以安之若素，不晕也不吐。只要训练得当，以后必定各个都是出色的水手。