就在清军的师船起锚的时候，英军第三分舰队已经展开了战列线，将金门水道拦腰截断。
台湾协在协台坐船的带领下冲向英舰，招来劈头盖脸的一阵开花弹。六船倾覆，十余船着火。
其他的船只见势不妙，梭巡不敢进，船上有兵丁往后望：“金门协怎么还没有上来？”
却见金门协大小船只，纷纷向北逃去。
台湾协剩下的船只，不待协台号施令，也纷纷掉转船头，升起风帆，就着西北风，逃出了金门水道，然后转帆行桨，逃往厦门。
清军船小，在金门水道这狭窄的区域内，倒也灵活。等英国海军解散战列线，清军的师船已经跑远了。
远东第三分舰队毫不耽搁，在金门水道中向着小金门岛炮台打了几炮，现距离太远，炮击效果实在不好，便顺着风驶出金门水道，来到小金门岛的南面，依着先前的办法，从侧面开始轰击。
就在第三分舰队在金门水道内炮击清军师船的时候，斯科尔斯上校已经带着皇家步兵第二十六团登陆了，直接包抄大金门岛南炮台的背面。
让斯科尔斯上校感到惊讶的是，步兵们试着放了几下排枪，端着刺刀往前冲，炮台守军却一哄而散，跑得慢的蹲在地上，投降了。有意思的是，虽然双方语言不通，清兵们没有高举双手，也没有打出白旗，但英军们却清楚明白的了解到，对方投降了。
截止斯科尔斯收缴地面上乱扔的武器完毕，该团的炮兵连尚未展开。
这时，远远的，厦门的福建水师援兵出现了。
月5日（二）福宁镇
就在英军第三分舰队刚刚开始进攻大金门岛北炮台的时候，厦门岛南炮台上就已经得到了消息。
颜伯焘叫来福建水师提督窦振彪：“窦军门，英夷果然如你所料，直攻金门炮台，你那以金门为砧板，以两百艘师船为菜刀的计策，正可实行。”
“卑职也是这么想的，请制台大人放心，请在这厦门炮台上，坐观小子们破敌。”
就在清兵的师船纷纷起锚的时候，英军第三分舰队已经打垮了大金门岛北炮台，正在冲进金门水道。
窦振彪登上自己的师船，带着自己的标营一共三十五艘大型师船，率先出，战鼓上咚咚咚响起，催促后续的部队跟上。
紧跟在后面的是海坛协十八艘师船，闽安协十四艘师船，福宁镇二十一艘师船，南澳镇十艘大船，铜山营十一艘快攻船。
福建水师可谓倾巢而出，只留下澎湖协四十七艘护口船在厦门水道内看家。
就在福建水师浩浩汤汤驶出厦门水道，直奔金门的时候，英海军第三分舰队已经基本歼灭了金门协，驱散了台湾协，驶出金门水道，从南面开始轰击小金门炮台。同时英陆军第二十六团正在冲击大金门岛南炮台。
英军的珍珠号火轮船作为哨舰，观察到福建水师主力正在慢吞吞的向着小金门岛驶来，便掉头向旗舰汇报。
英海军第二分舰队接到旗舰的命令，便从金门岛的东南方向起锚，前往迎击福建水师。
月5日上午接近11点的时候，福建水师遇到了在小金门岛西面久候多时的英军第二分舰队。
清军的阵型，是所谓的“大小梅花阵”，度最快的铜山营十一艘快攻船趋前，作为前锋。
后面的福建水师师船大队呈五点梅花布置：即水师提标三十五艘大型师船居正中，海坛协十八艘船在左，闽安协十四艘船在右，福宁镇二十一艘师船在前，紧跟在铜山营的快船后面，而南澳镇的十艘大船在最后压阵。这就是五点大梅花。
而在阵中的提标又分成前后左中右五营，再排出个梅花阵，这是小梅花。
这“大小梅花阵”还是中国古典的战法，大体上阵中套阵，环环相扣，大小配合，敌军一旦入阵，便会四面八方都有炮石打来，陷入重重包围。
福建水师这一路驶来，倒也称得上军容整肃，堪称堂堂正正之师。
“前古典时代！”英海军第一分舰队已经到了小金门岛北侧观战，“如果他们装上冲角，船再大一些的话，倒是和西班牙无敌舰队一样华丽。”璞鼎查也是海军少将，对海军的战史颇为熟悉。