后面到了康熙二十年又是废卫改县的重要时期，如二十六(1687)年裁毕节、赤水二卫置毕节县，裁永宁卫置永宁县，乌撒卫亦裁，全部并入威宁府。
此后的雍正五年(1727)改永宁县隶四川，七年(1729)改大定州为府，以威宁府为州，属大定，十一年(1733)设大定通判驻水城，设水城厅，乾隆元年(1736)割四川叙永厅之岩上、岩下地益黔西州，编为平定里，四十一年(1776)，割平远州之崇信、时丰、岁稔三里属水城通判，于是大定府领厅一、州三、县一。终清之世，不再有变。
与此同时，驻兵数量也在不断削减。康熙二十三年(1684)平远、黔西改镇为协，各裁兵一千多名，第二年威宁镇裁兵七百多名。
雍正三年(1725)，大定改镇为协，兵员逐渐减至1，200名，一镇三协遂成定制。
而流官制建立后，清廷接着将则溪制下的自然寨改造为里甲。
与明代贵州行省建立之初，为弹压土司而设府、每府只有两三里、每里只有寥寥几户的状况不同，清廷在黔西北地区的府州制、里甲制已不再徒有象征意义，如平远州共有向化、怀忠、兴文、慕恩、太平、敦仁、崇信、时丰、岁稔九里，威宁州则编户十里，即全化、遵化、德化、性化、宣化、归化、顺化、致化、广化、大化。
里甲的名称显示出清王朝对“新疆”教化的期望。
这些里甲涵盖了黔西北数目众多的自然寨，但原有的聚居状况得到了新制度的尊重，里甲正是在则溪制与自然寨的基础上建立的。
每个则溪编二里、三里不等，如大定府将原来的四个则溪各编二里，共八里。
每里通常含十甲，但也有含七甲、六甲的，如黔西州。
每个甲由数目不等的寨组成，多则六、七十寨，如大定府亲辖地的乐贡里一甲;少则一、二寨，如黔西州永丰里的四甲只有黄土坡一寨。
与里甲制不同，后来的保(牌)甲制有明显的对自然寨进行划分的痕迹，如平远州向化里共有甲10，寨49，编为145牌。
像是毕节县主要由毕节、赤水二卫合并而成，情况有所不同。
要知道卫所本来就是王朝“版图”与“文教”之区，官员们规定里甲名称时似乎注意到了这个特点，没有炫耀“开疆”之功，也没有寄寓对教化的殷切期望。
该县有东、南、西、北、长乐等里，而新纳入“版图”的八个夷屯，则被命名为平定里。
这些里主要由屯、堡、铺、伍构成，甲的数量极少，带有明显的军卫痕迹。
如东里含十八伍;南里由七伍、二屯组成;西里有十一伍、十铺，只有北里含有六个甲、十七个伍，长乐里似乎全由甲组成。
夷屯原非毕节县的土地，系雍正七年(1729)由四川割归而来。
夷屯的来源通常是，土目随朝廷从征有功，授其土千总等职，其领地便被称为夷屯。
与此相对，毕节、赤水二卫原有的屯地被称为军屯。
怎么说呢，有学者在毕节县清水镇等地作调查时，哪里的老人们尚能清楚地告诉我哪些地方是夷屯，哪些地方是军屯。夷屯的主管者主要是彝族人。
明初编订里甲的原则是，“以一百一十户为里，推丁多者十人为长，余百户为十甲，甲凡十人。”
不管实际执行过程中是否严格遵循此原则，其着眼点无疑在人不在地。
清初黔西北的里甲制以寨为基础，虽然一里十甲的规则可以大致遵照，却无法拘泥于固定的户数，并且指导思想与前朝亦有差异。
例如平远州“境内颇多田，因田制里，里有九”，田土而不是户丁成为划分里甲的依据。
大定府的情况与此颇有相似之处，首任知府宁云鹏称:
爰度地方远近，亦划东西南北为四乡，分八里:府城东，旧伐戈则溪，编悦服、乐贡二里;府城南，旧火著则溪，编大有、嘉禾二里;府城西，旧架勒则溪，编永顺、常平二里;府城北，旧木垮则溪，编仁育、义渐二里。里各有甲，甲各有户。
这段引文透露出来的另一重要信息是，与流官府、州的设置相似，大定府的里甲与原来的则溪制度亦有着密切的渊源关系。
户丁没有成为划分里甲的依据，这或许与明清时期整个赋役制度的变革有关，但与当时“夷多汉少”的情况似亦不无联系，改流之初为官平远的黄元治称:
(平远)城中皆兵，惟东西二门外，流氓落落十数家。
至群苗，则居溪洞、笼箐中，如鸟兽之巢穴，不可以近人。
但“不可以近人”并不意味着清廷不清查原住民，事实上，清初原住民拥有黔西北的绝大部分田地，“因田制里”同样离不开对他们的调查，因此，原住民的户数官府是有记载的，作为对新入“版图”之民的绥抚，官府编户而不审丁——这意味着丁差的豁免。
也正是因此，标志着土目权威所受到的挑战。
首先是土目身份的变更。
众所周知，“土目”是一个在文献中频频出现的词语，具有多种含义，有时甚至等同于土司。
据李世愉先生考证，史籍对土目的解释大致有三种，1、土人之头目;2、隶属于土司的佐治之官;3、土司职官体系中的一个等级，无职衔，无品级。
所以我们下文结合彝、汉文献与田野调查所得，对此问题作一稍微详细的探讨。
彝语中未见有“土目”一词。改流前，黔西北地区的政治权力往往与家族的权力交织在一起，君长通常会分封其亲属作为慕濯、奕续、峨等。
如前文所述，慕濯、奕续既是具体的官职，又泛称所有的受封者。
“峨”亦是如此，乌撒土目安光祖所译彝书称:
君长曰蔺，称为苴慕，犹可汗、标信之称。大部曰慕濯，次曰祃裔，次曰奕续，通称为峨。
苴慕立，分其诸弟为峨，授以土地，分以重器，而以黑、白夷各数族分之。
“峨”即，直译为“官家”。后来意译为“土目”，这显然是受了土司制度的影响。
如光绪《黔西州续志》称:“峨，译言贵胄，今为小土目。”黔西北的老人们告诉我，1949年前依然是土目与官家并用，根据辈份，对土目及其亲属的称呼有一定变化，如“官爷”、“官奶”、“官叔”、“官小姐”等。