在第四战区开始攻占硫磺岛的时候，西太平洋的第二战区也同时发动了对菲律宾和荷属东印度的进攻。
在菲律宾的登陆行动，让山下奉文第一时间选择暂时避开锋芒，撤离沿海地区，放弃城市，转为菲律宾的游击战术。
在登陆当天，第二战区的三支主力部队分别在菲律宾不同位置登陆。
第二战区所属的第十一陆战师在吕宋岛西部的圣安东尼奥登陆，攻占圣马塞利诺机场，苏比克海军基地以及封锁巴丹半岛，阻止日军往巴丹半岛方向的撤退路线。
另一边是第二战区所属的第三空降师以及一个滑翔伞降团在吕宋岛南部的纳苏格布登陆，向马尼拉前进，边上还有两个步兵旅登陆，朝塔盖山脊向北前进。
余下这是特种部队零星作战，负责协助三支不同方向的部队，快速攻占菲律宾境内的桥梁和交通要道。
此刻的菲律宾，早已经是一片狼藉，日本人放弃了大城市，也劫掠了大量的物资撤离，在红警兵团抵达的城市之中，都是饥饿的菲律宾人，城市当中，留下了很多都还未打扫走的尸体。
然而就在红警兵团登陆的时候，所面对的敌人，可不单单只有日本人，还有菲律宾人组成的游击队。
这些菲律宾的游击队，原本是抵抗日本侵略的武装，以前一直都是美国人在资助，然而美国被灭，他们也就在菲律宾内自生自灭。
红警兵团的到来，他们非但没有感激，反而主动发起攻击，菲律宾境内也爆发了三阵营之间的战争。
山下奉文并没有如同历史上，坚持到战争结束，在战斗开始的三天之内，山下奉文的指挥部便被端掉，山下奉文的人头高高的悬挂在马尼拉的城市中心。
菲律宾境内的战争细节外界难以得知，只是知道当日本全面战败的时候，菲律宾境内的人口剩下不到原来的十分之一。
大屠杀的罪名被安放在日本人的头上，历史从来都是由胜利者来书写的。
菲律宾战争之中，为了消灭游击队，动用了大量的化学武器，使得菲律宾从战争开始到持续结束的这段时间，爆发了十分可怕的传染病。
然而有意思的是，这种爆发出来的传染病，只有在日本人和菲律宾几个主要种族之内传播。
与菲律宾相隔的荷属东印度也是如此，在登陆菲律宾的时候，第二战区也同时在印尼登陆。
在菲律宾逐渐沦陷的时候，荷属东印度的情况也是如出一辙，战争并没有怎么用到枪械武器，登陆荷属东印度的红警兵团，主要的任务就是收尸。
利用空气传播的病毒，一旦人体成功感染，持续的时间内，在三个小时到三天的时间之间，便会死亡。
因为病毒的死亡的人，外表没有任何变化，病毒直接让患者心脏衰竭，直到停止跳动。
过程十分的迅速，患者一般都是在睡梦之中，永久醒不过来。
一般被人发现的时候，身体都凉透了。
这种利用空气传播的病毒，十分有针对性，红警兵团收尸的士兵，连防毒面具都不需要，也不需要防化服装和手套，可以直接接触感染者尸体，完全没事。